Na terenie Nadleśnictwa Kalisz znajduje się 1 obszar Natura 2000 mający znaczenie dla Wspólnoty - powołany w celu ochrony siedlisk. 

PLH300034 "Dolina Swędrni"

Obszar obejmuje fragment doliny Swędrni wraz z jej dopływem Żabianką i stanowi centralną część obszaru chronionego krajobrazu "Dolina rzeki Swędrni". Powierzchnia całkowita wynosi 1290,72 ha. W zasięgu Nadleśnictwa Kalisz znalazło się 456,62 ha. Do najcenniejszych obiektów przyrodniczych terenu zaliczyć należy torfowisko przejściowe z obecnością fitocenoz kilku zagrożonych w Wielkopolsce zbiorowisk oraz murawy kserotermiczne. Wśród ekosystemów leśnych wyróżniają się dobrze wykształcone acydofilne dąbrowy oraz niewielki płat łęgów z okazałymi dębami szypułkowymi. Ostoja położona jest na północny-wschód od granic miasta Kalisz i obejmuje środkowo-końcowy odcinek doliny rzeki Swędrni.

Siedliska przyrodnicze będące przedmiotem ochrony w obszarze "Dolina Swędrni" na terenie Nadleśnictwa Kalisz:   

1. 7140 - torfowiska przejściowe i trzęsawiska  - 1,85 ha
2. 9190 - pomorski kwaśny las brzozowo-dębowy - 68,36 ha
3. 91E0 - łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe - 3,58 ha

Zagrożeniami dla obszaru są:

• obniżenie poziomu wód gruntowych dla ekosystemu torfowiska przejściowego,
• niekorzystny wpływ na wody gruntowe zanieczyszczonych ściekami wód rzeki Żabianki,
• możliwy niekorzystny wpływ wysypiska odpadów komunalnych w miejscowości Kamień.